南云接到友永上尉早晨7点发来的报告时,又陷入两难之中。派出去的7架海上侦察机没有一架发回报告。他应该留下第二波飞机准备攻击随时可能被发现的美国航空母舰。正举棋不定时,空袭警报又起。这一回是真警报!从中途岛飞来的6架美国鱼雷机从左舷扑向“赤城号”,几架零式战斗机立即升空截击,各舰高射炮也对空猛射。6架美机被揍下5架,余下一架也带伤而逃。稍待,又有4架美机向“赤城号”右舷飞来,几条鱼雷直落海面,拖着长长的航迹,冲向“赤城号”右舷。“赤城号”一面对空射击,一面左右闪避。4架美机,毁伤各半。“赤城号”安然无恙。10余分钟后,中途岛美机第三次来袭,又被打退。
中途岛美机连续攻击,使南云相信了友永上尉的报告。他下令各舰甲板上已装好鱼雷和对舰攻击炸弹的第二波攻击飞机,立即换装对地攻击炸弹,准备对中途岛作第二波攻击。各舰甲板人员忙乱起来,纷纷从飞机上卸下鱼雷,又从弹药库拖出炸弹,换挂上飞机。忙乱之中,卸下的鱼雷来不及收拾,顺手堆放在甲板上。
7点半左右,飞机刚换弹完毕,一架搜索飞机发回报告,称在南云舰队以东400公里海域发现美国舰队,稍后又报告发现一艘美国航空母舰。这架飞机正是晚半小时起飞的两架飞机中的一架!南云得报大惊!恰好这时,攻击中途岛返航的第一波日本机群已飞抵舰队上空,正盘旋待降,真是乱上添乱!若令挂装炸弹的飞机攻击美国航空母舰,不但效果不好,而且因没有战斗机护航,也难以突破美军防空炮火,换装鱼雷又来不及;若先让第一波飞机降落,又恐失去先机,一旦美机来袭,将措手不及。南云中将晕头转向,手足无措。驻节“飞龙号”的第二航空战队司令官山口海军少将情知局势危急,不允片刻犹豫,请求冒险出击,摆脱危局,被南云拒绝。美轰炸机单独进攻,被日机打苍蝇一样击落的场面,还在眼前晃动,他不能让日本轰炸机也冒同样的风险。8点30分,候在空中的友永上尉再次请求降落。不能再犹豫了!南云中将咬牙作出了中途岛之战最带决定性的第五道命令:各舰清理甲板,回收第一波飞机;给第二波飞机再换装——这一次是把攻陆炸弹换装回攻舰鱼雷!