南云接到友永上尉早晨7点发来的报告时，又陷入两难之中。派出去的7架海上侦察机没有一架发回报告。他应该留下第二波飞机准备攻击随时可能被发现的美国航空母舰。正举棋不定时，空袭警报又起。这一回是真警报!从中途岛飞来的6架美国鱼雷机从左舷扑向“赤城号”，几架零式战斗机立即升空截击，各舰高射炮也对空猛射。6架美机被揍下5架，余下一架也带伤而逃。稍待，又有4架美机向“赤城号”右舷飞来，几条鱼雷直落海面，拖着长长的航迹，冲向“赤城号”右舷。“赤城号”一面对空射击，一面左右闪避。4架美机，毁伤各半。“赤城号”安然无恙。10余分钟后，中途岛美机第三次来袭，又被打退。
中途岛美机连续攻击，使南云相信了友永上尉的报告。他下令各舰甲板上已装好鱼雷和对舰攻击炸弹的第二波攻击飞机，立即换装对地攻击炸弹，准备对中途岛作第二波攻击。各舰甲板人员忙乱起来，纷纷从飞机上卸下鱼雷，又从弹药库拖出炸弹，换挂上飞机。忙乱之中，卸下的鱼雷来不及收拾，顺手堆放在甲板上。
7点半左右，飞机刚换弹完毕，一架搜索飞机发回报告，称在南云舰队以东400公里海域发现美国舰队，稍后又报告发现一艘美国航空母舰。这架飞机正是晚半小时起飞的两架飞机中的一架!南云得报大惊!恰好这时，攻击中途岛返航的第一波日本机群已飞抵舰队上空，正盘旋待降，真是乱上添乱!若令挂装炸弹的飞机攻击美国航空母舰，不但效果不好，而且因没有战斗机护航，也难以突破美军防空炮火，换装鱼雷又来不及；若先让第一波飞机降落，又恐失去先机，一旦美机来袭，将措手不及。南云中将晕头转向，手足无措。驻节“飞龙号”的第二航空战队司令官山口海军少将情知局势危急，不允片刻犹豫，请求冒险出击，摆脱危局，被南云拒绝。美轰炸机单独进攻，被日机打苍蝇一样击落的场面，还在眼前晃动，他不能让日本轰炸机也冒同样的风险。8点30分，候在空中的友永上尉再次请求降落。不能再犹豫了!南云中将咬牙作出了中途岛之战最带决定性的第五道命令：各舰清理甲板，回收第一波飞机；给第二波飞机再换装——这一次是把攻陆炸弹换装回攻舰鱼雷!