然后，再将两个新鲜柠檬洗净后切碎，用洁净的白纱布挤压出2汤匙柠檬汁，加入搪瓷灌肠缸的温水中搅拌。如果没有新鲜柠檬，也可用苹果醋代替，或者是食用柠檬酸，每次将半汤匙柠檬酸结晶物倒入灌肠缸中，搅拌使其溶化。当制备好灌肠液后，最好用pH试纸测试一下如果pH值低于55则是较为理想的灌肠液了，因为这样就可以抑制大部分腐败细菌的繁殖，效果最佳。为了提升灌肠液的效果，抑制肠道中的致病细菌，还可用2个中等的蒜瓣儿切成蒜末，调成蒜汁加入灌肠缸内的温水中加以搅拌。
最后，在将软管插入肛门时，要将插入肛门一段的软管开口处磨得圆滑一些，使用时最好再抹点润滑油，并用右手轻轻捏住软管的末端，使其慢慢下降，当降至与灌肠缸的水平面相同时，就会看到灌肠液出现在管口处，此时应立即用拇指、食指和中指加紧软管，勿使灌肠液流出。
灌肠者取肘膝跪卧式，即双膝跪于软垫上，一只前肘和前臂扶在铺有纸的桌旁地面上，臀部要高于头部，持抹油软管末端的另一只手，要轻柔地、稍加旋转地将软管徐徐插入肛门内，深度为15~25厘米之间。然后双前臂均以肘部支撑于地面上，令灌肠液靠本身的重力向下自由灌入大肠，当感觉到液体进入时，腹部一定要放松，不要有任何紧张感，并用力用嘴长时间吸气，吸满后再用力迅速呼出。这样一呼一吸七八次后，稍停一会儿再做七八次。