天顺二年（公元1458年）三月，石亨的心腹兵部尚书陈汝言，因贪污罪被揭发。其家中查没的钱财多到令朱祁镇咋舌的地步。想起于谦被抄家时的家徒四壁，仅做了一年兵部尚书的陈汝言居然能聚敛如此多的财富，朱祁镇不禁痛心疾首。随后，大同总兵石彪因贪污行贿被抓，并供出了石亨的罪行。朱祁镇大怒之下却顾念着石亨的功绩，仅让他告老归田，以此作罢。
可惜，石亨并没有领会朱祁镇的好意，居然准备起兵造反。朱祁镇无奈之下，抢先一步将石亨关入了大狱。石亨惨死于狱中，石彪也被当众处斩。石彪、石亨一死，曹吉祥便觉得自己的死期也不远了，便开始四处网罗武士，以备不时之需。
天顺五年（公元1461年）六月，曹吉祥起兵造反，准备废黜朱祁镇。因密谋被泄露，曹吉祥的党羽很快便遭到了朱祁镇大军的追捕。曹吉祥的同党，有投井自杀的，有被杀的，有判处流放的，可以说曹吉祥之死祸连全族。当年曹吉祥得势的时候，通过依附他而升官的亲友故旧不比石亨少，史称“门下厮养冒官者多至千百人”，而正是当年的一念之差，现在这帮人都要给曹吉祥陪葬了。当然曹吉祥的下场比这些人要惨多了，他成为明朝第一位被凌迟处死的著名太监。
曹石之乱平定之后，因朱祁镇的励精图治，朝局倒也有了一番清明的结果。然而，他很想做一个好皇帝，也想做一个有功绩的皇帝，但是他天生并不是一个做皇帝的料。