台湾统一于清朝之后，文化教育事业也比郑氏统治时有进一步发展。蒋毓英于康熙二十三年建成台湾府学，其后又建“社学”三所，在他离任那年又建立一所“书院”,供学者讲学。康熙“准福建台湾乡试，另编字号，额中一名”。当年取中台湾籍的第一位举人是康熙二十六年丁卯榜的风山县学生苏峨。同年七月，康熙皇帝采纳福建巡抚张仲举建议，在台湾郡县设立学校，定“府学量设廪增各二十名，县学各十名，俟人才渐盛，仍照直隶各省补充名额”。台湾籍的第一名进士是康熙三十三年(1694)甲戌榜的台湾
举人陈梦球。第一任台湾知府蒋毓英还主持了第一部《台湾府志》的起草工作，至康熙三十三年由福建台厦道高拱乾最后完成。
台湾建置，派驻重兵，实行与内地大体相同的政策，使边防力量大大增强，并在一定程度上促进了台湾经济文化的发展。但是，因为封建统治者的根本目的在于巩固统治，所以政策中也有消极限制的一面。如禁民渡台、禁入番地等。康熙二十二年(1683)刚刚统一时，清政府就规定流寓台湾无妻室产业之民，应逐回内地，交原籍管束；不准人民偷渡，偷渡者及引诱偷渡之人，俱严加治罪，失察官员亦分别议处；往台湾者不得携眷，已在台湾者不得搬眷至台湾。为了加强海上控制，康熙二十四年(1685)又规定一切船只只能经由安平与厦门实行单口对渡，两处口岸各设海防同知，加强稽察。康熙晚年实行禁海，控制更严。对于已经移居台湾的人民，清政府又立石于番民之界，禁止他们进入高山族居住区，以防接触，萌生动乱。从某种意义上说，台湾经济、文化的发展，是在偷渡者冒极大危险冲破封禁之后才取得的。