在明朝的各部门职能分布中，工部其实也负责一部分和农业相关的管理。工部尚书掌管水利工程兼领航运政务，工部侍郎则辅佐尚书处理相关工作。中央政府在工部下属设立了总部、屯部、虞部、水部四个部门。总部掌管工部日常庶务与营房建设相关的政务；屯部顾名思义掌管天下田地的开垦；虞部掌管全国山川水泽之利；水部掌管全国水利，后来朱元璋又将这四部改为了四吏司。
说完了中央农业方面的机构设置，那就得深挖一下地方上农业生产的机构设置。毕竟老话说得好“皇权不下乡”，中央的政策再好，对于百姓来说，基层的机构设置才是更加实际的。为了充分开发湖广地区的粮食产能，为了充分发挥两湖平原（湖南洞庭湖和湖北洪湖之间）的土地的优势，也为了能建造一个支援全国的大粮仓，明朝中央政府在湖北、湖南地区设置了湖广布政使司作为农业管理的最高机构。
湖广布政使司作为一个管理机构，内部设有左右布政使、左右参议等官职。其中左右布政使职位最高，各一人，官职为从二品。湖广布政使司所辖各府和直隶州的机构则是地方上的二级行政机构，各府设有知府一人，正四品；同知一人，正五品；通判若干，正六品。州县是地方上的三级行政机构，州一般在习惯上称为属州。属州的政府结构和直隶州相同，只是官员设置上一般较少。县设知县一人，正七品；县丞一人，正八品；主簿一人，正九品。知县掌管一县之政，包括赋役、每年收支、每十年造一次的黄册、人口田产的核定等工作。可以看出，州县的县官主要任务也是管理农业、负责农村社会的一切社会事务。