众皆俯伏曰：“愿改事公。”行恭率其众与师利共谒太宗于渭北，拜光禄大夫。
从平京城，讨薛举、刘武周、王世充、窦建德，皆立殊勋，授左一府骠骑，赏赐甚厚。隐太子之诛也，行恭以功迁左卫将军。贞观中，坐与嫡兄争葬所生母，为法司所劾，除名。因从侯君集平高昌，封天水郡公，累除右武候将军。高宗嗣位，历迁右武侯大将军、冀陕二州刺史。寻请致仕，拜光禄大夫。麟德二年卒，年八十。赠荆州都督，谥曰襄，赐温明秘器，陪葬昭陵。
行恭性严酷，所在僚列皆慑惮之，数坐事解免。太宗每思其功，不逾时月复其官。初，从讨王世充，会战于邙山之上。太宗欲知其虚实强弱，乃与数十骑冲之，直出其后，众皆披靡，莫敢当其锋，所杀伤甚众。既而限以长堤，与诸骑相失，惟行恭独从。寻有劲骑数人追及太宗，矢中御马；行恭乃回骑射之，发无不中，余贼不敢复前。然后下马拔箭，以其所乘马进太宗。行恭于御马前步执长刀，巨跃大呼，斩数人，突阵而出，得入大军。贞观中，有诏刻石为人马以象行恭拔箭之状，立于昭陵阙前。