对于巴国的文明，有人说是同黄河文明并列的长江文明的源头。巴人在湖北的生活有个漫长发展过程，独自由原始氏族形成众多部落，再到后来组成5个核心部落——“巴、樊、覃、相、郑”，他们在很长的时间里平等相处、无君臣之分。当各部落不断壮大，终于到了需要一个君主统领联盟的时候，“乃共掷剑于石穴，约能中者，奉以为君”。廪君胜出，成为巴人领袖，由于团结，从此强盛起来。而后在长期的发展中，迁入四川，在险山恶水中，独自产生了高度的物质文明和精神文化。在迄今发现的巴人许多文物上，都有着被专家们称之为“巴蜀图语”的刻画符号，动物的、植物的、人物的、奇特的造像、古怪的印痕，这究竟是发源于巴人原始的艺术灵性，还是大自然神秘莫测的烙印？是装饰品还是占星术？至今仍是一个难以破译的悬念。不过可以肯定这是巴人的精神文化创造。
巴国另一个未解之谜是巴人为何突然失踪，在历史中毫无音讯。10数万巴人神奇失踪之谜，千百年来无数人为之苦苦追寻，试图找出谜底，但都难得其解。
有人说，巴国被秦军灭后，其人口也被全部坑杀，这种说法也许更多是基于秦军的残暴和坑杀赵军40万之说上的猜测。