1579年，权管任期期满，李舜臣回到汉城，在训练院任奉事。当时兵营正郎徐益打算把自己的一个亲信破格提升为参军。李舜臣正好在徐益下面具体管这个事务，他坚决不同意这种不合理的做法。徐益对李舜臣软硬兼施，但他不怕权势，坚持原则，徐益只好作罢。同年冬，李舜臣被任命为忠清兵使（即忠清道兵马节度使）手下的一名普通军官，到忠州供职。李舜臣生活清苦，为官廉洁，在他居住的房间内，除了衣物和被褥以外什么也没有。他回家探亲时，每次都把剩下的口粮交给公家。兵使听说后，十分敬重和爱护他。第二年，李舜臣被任命为钵浦万户，来到全罗道。钵浦为全罗道左水使管下的五浦之一。五浦即防踏、吕岛、蛇渡、鹿岛、钵浦。有一天，左水使成鏄派人到李舜臣住的客舍，准备砍院子里的一棵梧桐树做玄鹤琴。李舜臣问明情况之后，严肃地说： “这棵梧桐树乃官厅之物，已有好几年，即使是使道的吩咐，也不能砍走！”成鏄对不畏权势的李舜臣也是无可奈何。
后来，李庸任左水使，由于李舜臣没给他送礼，他就怀恨在心，想尽一切办法要罢免李舜臣。有一天。李庸突然检阅五浦军队。结果，其他四浦有很多缺员，他不加过问，而李舜臣的钵浦则只有三名缺员。李庸却只把李舜臣一人上奏于朝廷治罪。李舜臣是非常明细的人，早已看出左水使的举动不怀好意，就事前作r其他四浦缺员的记录。李庸得知李舜臣掌握了四浦缺员的情况，非常害怕，于是派人在中途把状启追了回来，后来，他改变了对李舜臣的看法。