崇祯二年，后金入侵，京畿告急，刘宗周又上疏直言，指责崇祯帝的用人之道，并说太监典兵，是亡国之兆，弄得崇祯帝很没面子。崇祯八年七月，吏部奉旨推举老刘入阁主事，算是给足了面子。在皇帝召对时，老刘竟然不顾场合、不知轻重地再次当面指责皇帝求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。他要崇祯以收拾天下人心为本，御外以治内为本，并说如能以尧舜之心行尧舜之政，则天下自平。
平心而论，老刘这些话都是对的。更加难能可贵的是刘宗周竟能在百官都不敢讲话时袒露心声，可谓“千士诺诺，不如一士谔谔”振聋发聩之声音。敲打得皇帝心中不爽，干脆取消了刘老入阁的资格。崇祯皇帝改授他为工部左侍郎，算是警戒。没想到老刘耿直，秉性难移，一个月后又上了一道《痛恨时艰疏》，措辞之激烈，前所未有。他竟敢指责皇帝不懂圣王求治之道，所作所为不得要领。接着他要求崇祯皇帝不要轻易改定祖宗成法，当以简要出政令，以宽大养人才，以忠厚培国脉，发政施仁，收天下之心等等。言下之意就是崇祯在这方面做得不够，离尧舜之明君相差太远。
这使得一向自以为天资英睿的崇祯皇帝看到奏疏怒不可遏，决意严惩。最后皇帝虽然放过了刘宗周，但是心中已生厌恶之意。刘宗周再次上疏指责皇帝重用宦官及内阁无能时，皇帝终于忍无可忍，刘宗周被罢官免职打发回老家。