其次是战场形势的恶化。在天京事变前，随着在江西的胜利和攻破江北、江南两个大营，太平军已基本上掌握了战场的主动权。但天京事变的突然爆发，不仅使得太平军在各个战场转取守势，而且使得清军有了喘息乃至反扑的机会。其中形势最为危急的武汉两城，已被迫于1856年12月间弃守。
好在京外的太平军各部队，除少数为杨秀清族人或亲信的将领遭到杀害外，基本未在事变中遭受损失。甚至杨秀清的兄弟行中，杨辅清因领兵在外也幸免于难。后来在追究天京屠杀事件的罪魁祸首时，更未株连韦、秦、陈三人的族人。因此在石达开主政时，还不是“外无用将”，而是“外有用将”，这就为石达开扭转战场局势提供了良好的基础。
最为严峻的还是思想上的混乱和人心的涣散。杨秀清在世时，每以“天父无所不在，无所不知，无所不能”以及“天父看顾”、“天父作主”、“天父担当”等等，激励广大太平军将士放胆诛妖，勇往直前地为太平天国事业的胜利而奋斗。
但在天京城内的大变乱中，有着代天父传言莫大权力的杨秀清，不仅自己的性命不保，甚至连其家人和部属也都未能“看顾”。他们的悲惨结局，表明上帝权能无边神话的破灭，使人们失去了精神上维系的力量。