愍帝即位，以恒为尚书，进爵苑陵县公。顷之，刘聪逼长安，诏出恒为镇军将军，领颍川太守，以为外援。恒兴合义军，得二千人，未及西赴，而关中陷没。时群贼方盛，所在州郡相继奔败，恒亦欲弃郡东渡，而从兄轶为元帝所诛，以此为疑。先书与骠骑将军王导，导言于帝。帝曰：“兄弟罪不相及，况群从乎！”即召恒，补光禄勋。恒到，未及拜，更以为卫将军，加散骑常侍、本州大中正。寻拜太常，议立郊祀。尚书刁协、国子祭酒杜彝议，须还洛乃修郊祀。恒议，汉献帝居许，即便郊柴，宜于此修立。司徒荀组、骠骑将军王导同恒议，遂定郊祀。寻以疾求解，诏曰：“太常职主宗庙，烝尝敬重，而华恒所疾，不堪亲奉职事。夫子称‘吾不与祭，如不祭’，况宗伯之任职所司邪！今转恒为廷尉。”顷之，加特进。
太宁初，迁骠骑将军，加散骑常侍，督石头水陆诸军事。王敦表转恒为护军，疾病不拜。授金紫光禄大夫，又领太子太保。成帝即位，加散骑常侍，领国子祭酒。咸和初，以愍帝时赐爵进封一皆削除，恒更以讨王敦功封苑陵县侯，复领太常。苏峻之乱，恒侍帝左右，从至石头，备履艰危，困悴逾年。初，恒为州大中正，乡人任让轻薄无行，为恒所黜。及让在峻军中，任势多所杀害，见恒辄恭敬，不肆其虐。钟雅、刘超之死，亦将及恒，让尽心救卫，故得免。