同时，西方资本主义势力在中国建立了一批新式博物馆，作为为西方资本主义国家服务的文化教育宣传机构。1860年，上海徐家汇耶稣教会法籍修道院院长达维（A.A.David）在华北地区开始采集大批生物标本，1868年，神甫韩伯禄（P.Habde）和白耳（P.Belal）建立了一所博物院，开了外国人在中国建博物馆的先河。这座博物馆主要收藏中国植物标本和东南亚等地物产标本。这所博物院初名徐家汇博物院，西文名称为Museum of Natural History。1930年由于旧院舍不敷使用，便在震旦大学内另建新院舍，并更名为“震旦博物院”。1874年，英国亚洲文会的傅兰雅、伟烈亚力在上海创办了格致书院，内设考古、动植物、古生物、地质等研究组织，长期搜罗中国秦汉古物、甲骨、石器等文物，其中鸟类标本最多，具有博物馆的性质。1904年，法国人在天津法租界建立了华北博物馆，藏品主要是地质及矿产标本。同年，英国浸礼会教士在济南创建广智院，陈列品主要是动物、鸟类的标本和有关地理、人文风俗、科技模型、历史文物等物品。