1980年2月，他被推选为新成立的中国核学会理事长，同时还被选为中国科协副主席。这一年，他进中南海为中央领导同志作了题为《核能——当代重要能源之一》的报告，从此致力于中国核电站和其他核能科研的领导与组织工作。
1982年，75岁的王淦昌主动辞去二机部副部长等职，仍兼任原子能研究所名誉所长。
1983年，第六届全国人大常委会上他再次当选常委委员。
1984年，王淦昌亲自主持和指导秦山核电站及北京的强流电子直线感应加速器论证等。
1986年，他与王大珩等著名科学家向党中央提出跟踪国外高新技术发展的建议，即著名的“中国863计划”。
1987年，王淦昌主持国家“神光”激光装置鉴定会，并在80寿辰时发表有关中国激光研究的重要论文。
1988年，他与王大珩、于敏等物理学家向国务院提出将“激光核聚变”列入“863计划”，并获得批准。
1989年，王淦昌赴苏联杜布纳访问，被莫斯科大学授予名誉博士。