刘隗和刁协抓住把柄，劝司马睿诛杀王导和王家的所有成员。王导赶紧带上王邃、王彬、王侃等在朝廷任职的王氏宗族二十多人每天跪到宫门外候罪。司马睿意识到，离开王家支持，自己坐不稳龙椅，司马睿和王家的命运是一荣俱荣、一损俱损的，赦免王导等人是最现实的选择。于是，等王导等人在宫门外跪地痛哭了几天后，司马睿被“感动”了，光着脚走出来扶起王导，拍拍他的手宽慰一番。事情就这么过去了？是的，本应株连九族的造反大罪就这么被赦免了。
王家的危机解决了，不想王敦的军队攻占了建康。王敦把持朝政，官员进退操于其手。他逼着司马睿下诏大赦，赦免叛乱诸人的罪过，并封自己为大将军。王家表面上实权在握，实际上被王敦推到了风口浪尖之上！
好在王敦擅长破坏，不长于建设，抓住了皇帝却还没有自己做皇帝的想法。王导也阻止王敦称帝，始终暗中支持司马睿。不久，王敦就退兵长江中游，司马睿随后郁闷而死，局势降温。王导等人拥立太子司马绍即位。司马绍是个强硬分子，一心要铲除王敦，局势骤然紧张起来。王敦身体也不争气，越来越差，在周边宵小的蛊惑下，第二次发兵进攻建康。他想在自己死前，彻底解决王家的威胁，摆出了倾覆朝廷的架势。王导再次坚决站在皇帝一边，主动挂帅，提兵与王敦叛军作战。一场恶战，王敦随即病死，兄长王含、继子王应被杀，叛乱彻底消除。王导对策得当，让琅琊王家非但没有受牵连，还因讨伐王敦有功得到加官晋爵。王导从司徒进位太保，兄弟分任刺史、尚书。王家跨过这道坎，保持了天下第一望族的地位。