大学的职能和属性决定了学术权力是大学权力的基础，行政权力是为学术权力服务的，是在保障学术权力的条件下行使行政权力的，它们应该各司其职，在各自的专属领域发挥作用，进而使学术权力和行政权力在大学内部治理结构中达到最优配置。大学客观上需要学术权力与行政权力的融合，而现实当中，行政权力的缺陷又往往使得两种权力的关系失衡、冲突严重。[4]
（三）大学的“二元管理”结构：“学术管理”与“行政管理”
大学既然存在“学术结构”与“行政结构”之分，存在“学术权力”与“行政权力”之差别，自然也就存在“学术管理”与“行政管理”之不同。
大学的基本职能和本质属性决定了学术管理是大学内部管理工作的核心，这是它区别于其他管理工作的一个根本特性。学术管理不仅是一种管理方式，更是一种重要的管理理念。它表明这种管理活动的特殊性质，以及人们在从事这类管理活动时必须遵循的基本规律和基本原则。只有建立学术管理的理念，才能深入理解大学管理的本质，才能认识到高校管理与其他管理工作的差异，才能从根本上树立这样一种思想：我们所从事的是一种特殊的管理工作，它有着与其他管理工作迥然不同的内在逻辑和规律。[5]