就是在这次督军会议上，原本是主战派领袖的曹锟忽然转变了态度，站到了直系一边，他先是和王占元一起请求恢复陈光远的官职，随后又要求撤销对王汝贤、范国璋的处分，对冯玉祥不予追究。这样，当冯国璋在北京城里声势日微，逐渐成为一个空头总统的时候，曹锟却手腕迭出，逐渐成为直系的首领。段祺瑞此行本就意在安抚直系，所以对曹锟的请求都表示同意。
就在汉口军事会议召开的同时，随着护法运动的失败，桂系开始将大部分部队撤回广东，推行不抵抗政策，谭浩明也离开衡阳到永州。在桂军撤退之后，孤立无援的湘军也不得不撤退，程潜于23日离开衡阳，直系军队在第二天进驻衡阳。
25日，北军张怀芝部占领醴陵、攸县，但此时北军过于轻敌，急于对南军进行追击。结果撤退不及的桂军和湘军只好采取反攻，而张怀芝部对敌人的大举反攻猝不及防，在黄土岭被打得大败，溃败的北军退往株洲、易家湾，更是将怒火发泄在老百姓身上，沿途烧杀抢掠。在汉口的军事会议结束以后，26日，段祺瑞在九江会晤陈光远，在恢复陈光远职位的同时命令他出兵广东，陈光远随即派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。同时，段祺瑞又任命福建督军李厚基为援粤军总司令，并调浙江第一师师长童保暄为副司令，李厚基在厦门设立司令部。同时，曹锟、张怀芝、倪嗣冲联名致电北京政府，要求迅速召集新国会。27日，李烈钧部攻克龙济光部的根据地廉江，段祺瑞急忙赶到南京会晤李纯，李纯随即派第十九师师长杨春普率部开赴江西，同时段祺瑞也极力缓和李纯、倪嗣冲、卢永祥之间的矛盾，到晚间则由津浦路北归，于28日回到北京。