从史料中可见，陆军省而下，日军基本在军一级机构设置管理慰安所的机构或军官(岗职)。通常由参谋部、军医部、管理部共同负责慰安所事宜，也有在酒保部或兵站下面设立专门管理慰安所的机构，有的称为“某某科”,有的则直接命名为“慰安所科”“慰安妇股”。如在关东军里是由司令部参谋第三课负责慰安所事宜。驻屯上海的第7331部队，则专门设有慰安所科。1251在武汉的日军第11军兵站也设有慰安所科，由将校2人、下士官2人、士兵4人共8人组成。其职责是管理“慰安妇”、监督慰安所运营。史料记载，每逢“慰安妇”到达民营慰安所时，兵站慰安所科即协同慰安所的老板一起，查验“慰安妇”的照片、户籍抄写本、警察的许可书，及地方政府颁发的身份证明书、病历等。[26]
4.史料与调查：建立在中国各地的军直营慰安所
日军在占领中国各地过程中，设立了不少由军队管理的慰安所。有一例对军直营慰安所描述得很详尽的日本兵的回忆，这是来自京都16师团福知山20联队的老兵(76岁)的证言，他明确回忆，慰安所是在军队指挥下经营的，“慰安妇”有日本人和朝鲜人，一个所里有15人左右。从白天到下午4时，一般是士兵进入的时间。从下午4时到晚上8时，是下士官(伍长、军曹和曹长)进入的时间。8时以后则是军官进入的时间。军官如果没有钱的话，干完了事就回去，有钱的军官则可以留宿。士兵们去慰安所时，都是带着安全套去的。支付的是满洲银行、朝鲜银行或日本银行的钱。1941年2月，在开封的